EtherCAT主站堆栈具有模块化结构，以应对每个特定实现的挑战。它使主站可伸缩以适应应用程序的规模，可在不同操作系统上移植，适应各种硬件平台，并允许单独开发或定制每个模块，同时保持其他模块的功能完整。
主站的模块分组在以下层中，从而所有功能得到清晰分离：
应用层
应用层负责与各种编程或配置环境以及其他应用程序或设备进行交互。它封装和
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确保应用程序或过程任务方面能够访问主站的功能
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允许通过远程过程调用服务与主站进行交互，并提供TCP/IP或/和UDP连接，例如通过UDP与从站进行邮箱通信